حسين باقري اول مهر ماه 1359 ، همراه تعدادي از پاسداران راهي جبهه هاي جنوب مي شود .
در بدو ورود به اهواز ، اقدام به راه اندازي ( واحد اطلاعات و عمليات رزمي ) براي دستيابي به
اطلاعات دقيق از موقعيت دشمن مي كند . او خود شخصاً همراه ديگر نيروهاي اطلاعاتي ، به
شاسايي مواضع نيروهاي عراق مي پردازد . در برخي موارد تا عقبهء دشمن نفوذ مي كند . باقري
توان ، هوش و استعداد شگرفي در تحليل اطلاعات دشمن از خود نشان مي دهد : به طوري كه در
اغلب مواقع ، تحركات احتمالي دشمن را پيش بيني مي نمايد . اقدامهاي پيگير و اساسي او در
زمينهء اطلاعات ، به راه اندازي واحد اطلاعات ـ عمليات در ستاد عمليات جنوب منتهي مي شود.
نيروهاي اين واحد ، در كمتر از سه ماه ، در همهء محورهاي جنوب ، با تمام قدرت مستقر مي
گردند و به عنوان چشم فرماندهي ، در محورهاي مختلف عمل مي كنند . از ديگر اقدامهاي مفيد
شهيد باقري ، تشكيل بايگاني اسناد جنگ ، ترجمه اسناد و شنود بي سيم دشمن است كه هر
كدام نقش ارزنده اي در جنگ ايفا مي كند . همچنين طراحي گردانهاي رزمي و سازماندهي آنها از
كارهاي خوب او محسوب مي شود . شهيد باقري ، به دليل برخورداري از توانمندي فكري و
شهامت نظامي در دي ماه 1359 به عنوان يكي از معاونان ستاد عمليات جنوب انتخاب مي شود و
در شكست محاصره سوسنگرد ، فرماندهي عمليات ( امام مهدي (عج) ) را مي پذيرد .در فتح (
ارتفاعات الله اكبر ) و ( دهلاويه ) نقش بسيار ارزنده و مهمي ايفا مي كند . در اجراي عمليات (
فرمانده كل قوا ) شركت مي جويد و در اين عمليات به عنوان فرماندهي لايق و كاردان شناخته
مي شود . در عمليات ( ثامن الائمه ) ، فرماندهي محور ( دارخوين ) را به او مي سپارند و در
شكست (حصر آبادان ) در طراحي و سازماندهي عمليات و كسب اخبار و اطلاعات از دشمن ،
نقش مؤثري ايفا مي كند . در عمليات ( طريق القدس ) براي اولين بار قرارگاه مشترك (نصر ) ميان
سپاه و ارتش ايجاد و شهيد باقري به عنوان فرمانده قرار گاه نصر منصوب مي شود و در عمليات (
فتح المبين ) ، ( بيت المقدس ) و ( رمضان ) ، با لياقت و شايستگي تمام ، انجام وظيفه مي كتد .
پس از پايان عمليات رمضان ، از سوي فرماندهي كل سپاه ، به سمت فرماندهي ( قرارگاه كربلا )
و (جانشين فرماندهي كل ) در قرارگاههاي جنوب منصوب مي شود . پس از شكل گيري سازمان
رزمي سپاه ، با توجه با توان و تجربه هاي كه شهيد باقري داشت ، به عنوان ( جانشين فرماندهي
يگان زميني سپاه پاسداران ) برگزيده مي شود و بنيان يك يگان رزمي استوار و شكست ناپذير را
بنا مي نهد .